Program-program Studi yang ditawarkan di STT Apostolos meliputi:
1. Program Reguler Strata Satu (S.Th)
2. Program Ekstensi Strata Satu (S.Th)
3. Program Pasca Sarjana (MA)
Program-program Lainnya:
1. Islamic Short Course
2. Theological Short Course
3. Seminar-seminar